2025中国足协青少年足球锦标赛会员协会男子U16组赛事分为玉溪和昆明两个赛区，共分两阶段。12月6日-10日为第一阶段小组赛，采取单循环制，12支参赛队分为3组，每支球队需与组内其他3支球队各赛一场，吉林足协U16队与重庆足协U16队、河南足协U16队、海南足协U16队同在玉溪赛区D组。
根据赛制，12月12日-16日将进行淘汰排位赛，其中各小组第一名和两个小组成绩最好的第二名进入1-8名排位赛，另外4支小组第二名和四个成绩最好的第三名进入9-16名排位赛。
12月10日，吉林足协U16队将与重庆足协U16队进行小组第三轮的较量。